申脉穴最早出现在古代医书《针灸甲乙经》中，后来的《寿世保元·灸诸病法》和《针灸大成》也记录了它的用法。古代主要用它治疗腰痛、眼睛痛、头晕头痛以及精神错乱、行为异常等症状。 《针灸甲乙经》提到：申脉穴属于阳跷脉（人体经脉之一）气血生发的起点。 《寿世保元·灸诸病法》中描述治疗癫痫的方法：发作时灸阳跷经的申脉穴，位置在外踝骨下方皮肤颜色分界处。 《针灸大成·足太阳经穴主治考正穴法》详细定位：申脉穴在外踝骨下约半横指宽的凹陷处，前后有肌腱，上方是踝骨，下方是软骨，穴位就在中间。